El enfoque en el trabajo académico le da al II UNAM un sello único frente a otras dependencias de la UNAM, y para esto, cuenta con una infraestructura moderna de 32 laboratorios que lo hace la dependencia más grande de la Universidad en este aspecto particular.

En los laboratorios, que están equipados con tecnología de punta, trabajan cerca de 150 académicos, además de un número considerable de estudiantes de licenciatura, maestría y posgrado que han hecho posible mantener el prestigio del II UNAM, cumpliendo como función principal la de realizar investigación en ingeniería de calidad, original, útil y altamente competitiva preservando el papel de árbitro nacional de la ingeniería y actor principal del desarrollo tecnológico de México.

La probada capacidad técnica de estos laboratorios se confirma con el importante patrocinio que reciben por estudiar y proponer soluciones técnicas a los problemas que enfrentan instituciones y empresas del sector público y privado como son, entre otras:

• Secretaría de Comunicaciones y Transportes. SCT.
• Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales. SEMARNAT.
• Gobierno del Distrito Federal. GDF.
• Gobierno del Estado de México. GEM.
• Comisión Nacional del Agua. CONAGUA.
• Comisión Federal de Electricidad. CFE.
• Petróleos Mexicanos. PEMEX.
• Instituto del Fondo Nacional de la Vivienda para los Trabajadores. INFONAVIT.
• Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología. CONACYT.
• Instituto Mexicano del Transporte. IMT.
• Consejo Nacional para la Cultura y las Artes. CONACULTA.
• Centro Nacional de Prevención de Desastres. CENAPRED.
• Dirección General de Asuntos del Personal Académico de la UNAM. DGAPA.
• Grupo ICA.
• CEMEX.
• Grupo México.
• Viaducto Bicentenario, S. A. de C. V.
• Asociación Nacional de Industriales del Preesfuerzo y la Prefabricación.
• Comunidad Económica Europea.
• Universidad de California en Berkeley.
• Universidad de California en San Diego.