Una forma de entender con mayor profundidad a la Institución, es a través del análisis de sus Fortalezas, Oportunidades, Debilidades y Amenazas (FODA). Este análisis se hace como resultado de varios talleres de reflexión efectuados en los últimos 3 años. Se han integrado apreciaciones del grupo de planeación, de los investigadores aspirantes a la Dirección del II y las apreciaciones del actual Director incorporadas en la propuesta de su plan de trabajo, presentado ante la Junta de Gobierno de esta casa de estudios.

Fortalezas

Algunas de las Fortalezas más representativas son:

• El II UNAM, es la entidad universitaria con mayor vinculación, medida ésta, a través del número y monto de convenios con importantes dependencias del sector público y también más recientemente, del sector privado.
• Una sólida experiencia para la gestión con calidad de proyectos patrocinados.
• El reconocimiento y el prestigio del Instituto, que se ve reflejado en la demanda de proyectos y servicios tecnológicos, propicia entre otros aspectos, la formación de cuadros profesionales en grandes temas de la ingeniería nacional.
• Los sectores de la sociedad vinculados con el Instituto reconocen su capacidad técnica, fundamentalmente en lo que se refiere a la Ingeniería Estructural, Geotécnica, Hidráulica, Ambiental y de Transporte.
• Los ingresos extraordinarios generados por los proyectos patrocinados, más los recursos de la UNAM, le han permitido fortalecer en buena parte su infraestructura (equipos de laboratorios, red de cómputo, remodelación de edificios e instalaciones).
• El II UNAM cuenta en algunas áreas, con infraestructura experimental de primer nivel para abordar problemas que demanden los sectores de la sociedad. 
• El clima de trabajo del Instituto genera relaciones positivas en el ámbito académico, que abre espacios para el trabajo colaborativo.

Oportunidades

Algunas de las Oportunidades más representativas son:

• Aprovechar las reformas estructurales en México que abren espacios para su vinculación con el exterior, particularmente a través de consorcios y alianzas.
• Participar en la conformación de nuevos Centros Mexicanos de Innovación en Energía, fruto de la reorganización del sector de energía.
• Mejorar nuestra capacidad de influir en el desarrollo de la normativa en general, metodologías y políticas de la ingeniería civil.
• Utilizar la descentralización del II UNAM para el desarrollo de proyectos de vinculación con la sociedad y con la comunidad académica regional.
• Fomentar la vinculación con el sector industrial proponiendo alternativas de desarrollo tecnológico competitivas y recibir retroalimentación de las necesidades y paradigmas del mercado nacional e internacional.
• Identificar mecanismos de apoyo para el fortalecimiento de la investigación y competir en el ámbito internacional.
•  Conformar grupos de investigación multi e interdisciplinarios, de preferencia con otros centros e institutos nacionales e internacionales.
• Definir mecanismos para la participación interdisciplinaria con base en la especialización y experiencia del recurso humano.
• Crear nuevos modelos de vinculación y difusión para la participación en consorcios de amplio alcance
• Generar convenios y alianzas de colaboración con instituciones de investigación de otras regiones y países.
• Preparar nuevas generaciones de investigadores comprometidos con la Ingeniería mexicana.
• Renovar la planta académica del II UNAM con programas de estancias académicas, becas posdoctorales y cátedras CONACyT.
• Divulgar claramente el quehacer del II UNAM ante el sector público y privado para incidir más en resolver problemas a la sociedad.

Debilidades

Algunas de las Debilidades más representativas son:

• No ha mantenido una vinculación exitosa en otros campos de conocimiento como la ingeniería mecánica, eléctrica y de computación. 
• Frente a la falta de crecimiento de la planta académica, ha aumentado desproporcionadamente la contratación temporal de profesionales. 
• No se han planificado sus líneas de investigación a largo plazo, por ello no ha podido ser pro-activo en el desarrollo de iniciativas estratégicas para fomentarlas.
• En algunas líneas de investigación, no se ha tomado en cuenta lo que ocurre a nivel internacional y en otras existen problemas de endogamia, que dificultan el desarrollo de carreras académicas independientes y el surgimiento de nuevas líneas de investigación. 
• Limitaciones y desconocimiento de los procesos para participar, cuando sea el caso, en licitaciones y concursos internacionales.
• Prácticas y barreras que obstaculizan la interacción entre pares de una misma coordinación, y de grupos afines e interdisciplinarios. 
• Pocos procesos colectivos de reflexión sobre el presente y futuro del Instituto.
• No se ha fortalecido la formación de recursos humanos y la vinculación con la industria para coadyuvar en el crecimiento productivo de forma activa.  
• La administración del Instituto tiene ahora áreas débiles, principalmente en el seguimiento puntual de los proyectos de investigación. No existen lineamientos administrativos para la cotización de los proyectos.
• Necesidad de articular el trabajo académico con el administrativo, mejorando los procesos y la comunicación necesaria para incrementar la eficiencia interna y externa, en la administración de proyectos.

Amenazas

Algunas de las Amenazas más representativas son:

• Limitaciones para promover desarrollos tecnológicos con el sector público y privado.
• Presión política para atender proyectos de dudosa relevancia para usar la marca (logo) del II UNAM.
• Posibles conflicto de intereses ante la incubación o existencia de empresas de académicos.
• Dificultad para adaptarnos a las necesidades del país y a las nuevas reformas estructurales.
• Pérdidas de oportunidades por ineficiencias de gestión y por falta de rigor y calidad que debiera caracterizar un trabajo del II UNAM, aunada  a  tiempos de respuesta largos.
• Disminución en la asignación directa de proyectos por parte del sector público, con las capacidades de otras  IES y centros de investigación. 
• Escasa participación en el diseño de políticas públicas en materia de las ingenierías que se cultivan en el II.
• Disminución de la inversión del sector público por ajustes en el gasto que provoque disminución en la solicitud de proyectos patrocinados (ingresos extraordinarios).
• Falta de visión sobre el desarrollo futuro del Instituto. (ausencia de estudios prospectivos)