El Instituto de Ingeniería cuenta con un grupo de especialistas técnicos con gran experiencia y reconocidos a nivel nacional e internacional orientados a identificar y  diseñar soluciones para los problemas ambientales tanto de carácter ingenieril como por medio de soluciones flexibles. Las principales líneas de trabajo que se abordan en esta especialidad incluyen:

• Suministro de agua potable
• Plantas de tratamiento de agua potable, residuales y de reúso
• Tratamiento y disposición de residuos  sólidos y peligrosos
• Revalorización de desechos y lodos de plantas de tratamiento
• Control de la contaminación del agua y preservación de recursos hídricos
• Remediación de sitios contaminados debido a los derrames o la eliminación inadecuada de sustancias peligrosas.
• Protección del ambiente
• Mantenimiento de la calidad del aire.
• Saneamiento y protección de la calidad de acuíferos