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La Unidad académica Juriquilla del Instituto de Ingeniería de la UNAM cuenta con 650 m2 de laboratorios perfectamente equipados en las áreas de microbiología y biología molecular, pilotos, fisicoquímica, análisis instrumental, y electrónica. Además se cuenta con una planta de tratamiento de aguas totalmente instrumentada y automatizada de escala semi-industrial.
Los laboratorios están instrumentados para llevar a cabo los análisis de aguas, pruebas de toxicidad, y de tratabilidad y estudios especiales sobre demanda. En especial se cuenta con equipos especializados como cromatógrafo de gases equipados con detectores de espectrofotometría de masas, ionización de flama, conductividad térmica; cromatógrafo de líquidos, cromatógrafo de iones, analizador de carbono orgánico y nitrógeno (puntual y en línea), espectrofotómetro infrarrojo, UV y visible, así como espectrofotometría de absorción atómica (flama, generador de hidruros, horno de grafito) y microondas para la detección de metales.
En la parte de microbiología se realizan análisis de microbiología general como coliformes, cuenta heterótrofa y pruebas especiales de biología molecular empleando PCR y PCR en tiempo real para la caracterización de comunidades microbianas por medio de DGGE. Se cuenta con microscopios ópticos, por contraste de fases y de epifluorescencia.
En el área de electrónica se fabrican instrumentos, se implementa el hardware y software necesarios para el seguimiento en línea, el control y automatización de los bioprocesos.
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