Un proceso y sistema para identificar y cuantificar huevos de helmintos en muestras de agua residual a partir de imágenes que comprende filtrar las imágenes con un filtro anisotrópico ubicando los contornos en las imágenes, obteniendo imágenes filtrada; filtrar las imágenes filtrada aplicando derivadas Gaussianas detectando cambios en las imágenes filtradas, y obteniendo imágenes binarizadas; filtrar las imágenes binarizadas por medio de un filtro Watershed con campo de distancia filtrado, segmentando las imágenes binarizadas y extrayendo los contornos en las imágenes binarizadas, obteniendo una imágenes vueltas a filtrar; filtrar las imágenes vueltas a filtrar eliminando objetos por compacidad de perímetro, considerando el tamaño de objetos en las imágenes vueltas a filtrar y separando diferencias para evitar falsos positivos, obteniendo imágenes con objetos identificados; caracterizar los objetos identificados en las imágenes segmentando los objetos mediante perfiles de gris; y clasificar los objetos caracterizados según un clasificador probabilístico para identificar el tipo de huevo helminto.