Se describe un proceso para operar un biorreactor aerobio discontinuo secuenciales SBR (Sequencing Batch Reactor) de manera económica, óptima y segura. Se dedica especial atención al tratamiento de aguas contaminadas con compuestos orgánicos tóxicos (sustratos) que resultan ser inhibidores para micoorganismos del reactor. El proceso está orientado para operar el reactor biológico de una manera eficiente y segura. Para ello, se mantiene la velocidad de degradación de los contaminantes lo más alta posible y el reactor opera en condiciones de alta eficiencia. el proceso de tratamiento transcurre con seguridad y en un tiempo de reacción cercano al mínimo posible. para lograrlo, se mide el oxígeno disuelto en el agua del reactor y, mediante un control automático por eventos, se lleva al proceso a su punto óptimo de operación. la gran ventaja es que no es necesario medir la concentración del tóxico ni en el interior del reactor ni en el flujo de entrada del agua contaminada. Para logra sostener la concentración del sustrato en los niveles deseados, se utiliza una fórmula que estima un valor proporcional a la velocidad de reacción en función del oxígeno disuelto, el cual es fácil de medir. dicha fórmula se deduce del medio matemático del biorreactor.