1. Valorización de efluentes agroindustriales y residuos para la producción de biocombustibles gaseosos
2. Ecología microbiana molecular aplicada a la producción de biocombustibles
3. Uso y selección de comunidades microbianas para su aplicación en bioprocesos ambientales

Al entender las comunidades microbianas y las interacciones de las mismas se pueden manipular los bioprocesos con el fin de maximizar la producción de biocombustibles y obtener sistemas estables. Es necesaria la bioprospeccion de nuevos consorcios bacterianos que coadyuven a la generación de biocombustibles y otros productos de valor agregado.

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