1. Modelado e identificación de bioprocesos para tratamiento de agua
2. Control automático de procesos biológicos
3. Instrumentación para bioprocesos

Modelado e identificación de bioprocesos para tratamiento de agua. El objetivo es obtener modelos matemáticos (ecuaciones diferenciales y sus parámetros) que describan la dinámica del comportamiento macroscópico de consorcios de microorganismos degradadores de contaminantes en aguas residuales, a partir de datos experimentales obtenidos en biorreactores piloto de laboratorio; se hace énfasis en lograr una buena correlación entre los datos medidos y los que predicen los modelos obtenidos.
Control automático de procesos biológicos. El objetivo es proponer y probar experimentalmente algoritmos de control automático para mejorar u optimizar el desempeño de biorreactores empleados para el tratamiento de aguas; incluye el diseño de los controladores a partir de modelos matemáticos, su prueba teórica y experimental, así como su aplicación en procesos físicos; la tecnología se ha aplicado principalmente en biorreactores discontinuos secuenciales (SBR), incluyendo aquellos con membranas sumergidas.
Instrumentación para bioprocesos. El objetivo es desarrollar instrumentos de medición y monitoreo para procesos biológicos haciendo uso de nuevas tecnologías; se ha desarrollado un sistema para efectuar pruebas de biodegradabilidad anaerobia y actualmente se desarrollan dispositivos de medición en línea de contaminantes en agua residual usando espectrofotometría UV/visible.