Una actividad fundamental de la Unidad Académica Juriquilla-Querétaro es la vinculación con otras instituciones de investigación y educación superior, así como dependencias del estado y empresas privadas. A manera de ejemplo se presentan las organizaciones con quienes han realizado actividades de vinculación.

Entidades académicas

A nivel internacional:

• Universidad católica de Lovaina, Bélgica
• Universidad de Mons, Bélgica
• Universidade de Sao Pulo, Brasil
• Universidad de Temuco, Chile
• Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile
• Universidad pontificia Bolivariana, Colombia
• Universidad de los Andes, Colombia
• Universidad de la Republica, Uruguay
• Arizona State University, USA
• Universidad de California-Berkeley, USA
• Universidad de Purdue, USA
• Universidad de Santiago de Compostela, España
• Universidad de Barcelona, España
• Institut National de la Recherche Agronomique, INRA-Narbonne, Francia
• Université Technologique de Compiegne, Francia
• Politecnico di Milano, Italia
• Instituto Universitario de la PAZ  (UNIPAZ), Colombia

A nivel nacional:

• Universidad Autónoma de Querétaro
• Universidad Autónoma Metropolitana
• Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica
• CINVESTAV-Mérida
• CINVESTAV -Guadalajara
• Universidad de Guadalajara
• Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Querétaro (CONCYTEQ)
• Academia mexicana de Ciencias
• Otras dependencias de la UNAM (Institutos de Biotecnología, Materiales, Ecología, etc.)
• CICESE
• Universidad de Guanajuato
• Desarrollo Integral Regional Unidad Sinaloa, Instituto Politécnico Nacional Unidad Sinaloa
• Instituto de Ecología A.C. (INECOL)

Organismos privados:

• Grupo TOTAL
• Patrocinador Total SA (Francia)  y Atotech Inc. (USA).
• ICA Construcción Civil, Dirección de Operaciones.
• Ecosistemas Industriales SA de CV.
• IBTech, S.A de C.V.
• Tecnología Ambiental y Construcción, S.A  de C.V.