El área de ecosistema abarca un amplio abanico de comunidades ecológicas complejas y su medio ambiente, las cuales tienen un papel importante en la naturaleza (Patter y Jǿrgensen, 1995). Básicamente se considera a los ecosistemas como la parte fundamental de la ecología donde se estudian las interacciones de los organismos con otros organismos y su medio incluyendo problemas ambientales. Puesto que la investigación de los ecosistemas permite determinar la importancia de las especies o comunidades (vegetación, animales o grupos de organismos), se deben cubrir aquellos aspectos que los definen y modifican. En este sentido, los estudios que se desarrollan comprenden principalmente las interacciones del clima, la hidrología y las características fisicoquímicas analizando al ecosistema como parte de una región hidrológica. En el clima se estudia el papel de variables como la temperatura, precipitación y radiación solar, analizando junto con las condiciones geomorfológicas del terreno la manera de establecer con precisión dónde y cuándo el agua puede dañar el ecosistema bajo estudio. Las investigaciones que se llevan a cabo en el Instituto de Ingeniería se enfocan al estudio del sistema suelo-planta-atmósfera, en particular, sobre agroecosistemas. Asimismo, se estudia a los humedales como parte de las cuencas hidrológicas determinando sus beneficios en el medio y cómo son impactados por el ser humano. Geomorfológicamente, se analiza como el movimiento natural de los ríos y el cambio de uso de suelo y cobertura favorece el incremento de planicies de inundación. Una herramienta para realizar estos proyectos es el uso de la percepción remota a través de la cual se puede obtener información de regiones apartadas cubriendo extensas áreas. Asimismo, el uso de Sistemas de Información Geográfica permite el manejo y análisis de un gran número de información espacial con lo cual se identifican zonas de interés a diferentes escalas.